肿头龙的灭绝原因至今尚不可知，关于其灭绝的原因也存在多种假说，如气候变化、竞争激烈等。在地球进入白垩纪末期的时候，气候发生了明显的变化，并可能导致了许多动植物的灭绝。同时，肿头龙生活的环境也发生了很大的变化，可能会影响到其采食能力和生存。此外，肿头龙的身体相对较小，需要的食物也比较少，如果植被资源枯竭，将对它们的生存造成较大的影响。
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